In der europäischen Geistesgeschichte entstand die Toleranzidee im Zusammenhang mit Überlegungen zum Verhältnis der christlichen Religion zu anderen Religionen, seit dem Zeitalter der Glaubenskriege auch bezüglich der Konflikte zwischen unterschiedlichen christlichen Konfessionen.[3]
Eine Befürwortung von Toleranz gilt in der Ideengeschichte auch als ein Hinweis auf eine allmähliche Differenzierung von Kirche und Staat und für die Durchsetzung eines gesellschaftlichen Pluralismus.[3] Entscheidend war in diesem Zusammenhang auch das Zurückdrängen absoluter Geltungsansprüche einzelner religiöser Richtungen in Politik und Rechtsprechung.[3]
Das erste neuzeitliche europäische Toleranzedikt war die Konföderation von Warschau (1573), die als Beginn der staatlich gesicherten Religionsfreiheit in Polen gilt. Als Vorläufer dürfen im Gefolge des Schmalkaldischen Krieges der Passauer Friede von 1552 und der Augsburger Religionsfriede von 1555 gelten.
Der englische Philosoph John Locke konzipierte 1667 in englischer Sprache einen Aufsatz, der 1689 anonym in Latein unter dem Titel Epistola de tolerantia („Brief über die Toleranz“) erschien.[6] Diesem folgten zwei weitere in englischer Sprache A Second Letter Concerning Toleration (1690) und A Third Letter Concerning Toleration (1692).[6] Locke plädierte für eine gewisse Duldung unterschiedlicher religiöser Bekenntnisse, jedoch nicht des Atheismus und nur eingeschränkt des Katholizismus.[3] In England wurde im ähnlichen Sinne 1689 vom Parlament der Toleration Act verabschiedet.
Im Zeitalter der Aufklärung wird die Toleranzidee zur Forderung einer Duldung aller Konfessionen, der Bedeutungsbereich des Toleranzbegriffs wird auch über das religiöse hinaus erweitert, auf eine allgemeine Duldung anders Denkender und Handelnder.[3] So gilt in Lessings 1779 veröffentlichten Drama Nathan der Weise die Ringparabel als eine zeitgenössische Formulierung des Toleranzgedankens, bezogen auf die drei großen monotheistischen Religionen. In Frankreich machte sich Voltaire bereits 1763 in seiner Schrift Traité sur la tolérance („Abhandlung über den Toleranzgedanken“) zum Fürsprecher einer uneingeschränkten Glaubens- und Gewissensfreiheit.[6]