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Das Unternehmen wurde im Februar 2007 von Matthias Henze, Christian Springub und Fridtjof Detzner gegründet.[4]

2008 kaufte die Firma United Internet AG 30 Prozent der Anteile der Jimdo GmbH,[3] die Zusammenarbeit endete 2009 nach einem Aktienrückkauf.[5][6] 2010 fügte Jimdo die „Store“-Funktion hinzu, die es Besitzern einer Jimdo-Internetseite möglich machte, einen Online-Shop zu erstellen.[7] Im September 2011 ging Jimdo eine Kooperation mit dem Telekommunikations-Anbieter KDDI in Japan ein.[8]

Neben der Jimdo-Zentrale in Hamburg gibt es noch ein weiteres Büro in Tokio, Japan.[9] Seit 2011 unterhält Jimdo auch ein Büro in San Francisco, USA.[10]

Im Februar 2012 ging die 5.000.000ste Jimdo-Seite online, im November 2013 die 10.000.000ste.[11] Am 3. Februar 2014 veröffentlichte Jimdo eine Blog-App, mit der man auch von Mobilgeräten auf einer Jimdo-Internetseite bloggen kann.

Am 8. Juni 2015 wurde bekannt gegeben, dass das amerikanische Unternehmen Spectrum Equity 25 Millionen Euro bei Jimdo investiert hat. Damit sicherte sich der Kapitalgeber 26,7 Prozent am Unternehmen.[12] Für Jimdo ist dies das zweite Mal, dass Risiko-Kapital am Finanzmarkt aufgenommen wurde

Im November 2019 löschte Jimdo ein von mehreren AfD-Bundestagsabgeordneten eingerichtetes Meldeportal mit dem Namen „Aussteiger-Programm für Mainstream-Journalisten“ von seinen Servern.

Seit 2019 bietet Jimdo auch Dienstleistungen in den Bereichen Suchmaschinenoptimierung

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