Im Gegensatz zu WhatsApp sind aber Chats zwischen Nutzern nicht automatisch Ende-zu-Ende-verschlüsselt (E2EE). E2EE beutetet, dass die Nachrichten zwischen den Geräten der Kommunikationspartner ver- und entschlüsselt werden. Dritte können nicht auf diese Nachrichten zugreifen. Wenn Unbekannte so einen verschlüsselten Chat mitlesen möchten, müssen sie Zugriff auf ein Gerät der Kommunikationspartner haben.
Telegram speichert Standard-Chats zwischen Nutzern nach eigenen Angaben verschlüsselt auf seinen Servern. Für den Betreiber sind die Daten aber einsehbar, schreibt der IT-Sicherheitsexperte Mike Kuketz in seinem Blog. "Das gilt ebenfalls für einen Angreifer, der sich Zugang zum System verschafft", schreibt Kuketz. Wer eine Ende-zu-Ende-Verschlüsselung nutzen möchte, muss bei Telegram einen "Geheimen Chat" starten. Bei Gruppen sind geheime Chats aber nicht möglich.