Der inzwischen 56jährige Generaloberst Blaskowitz blieb auch nach dem Feldzug zunächst in Polen nachdem die 8. Armee zunächst in 2. Armee umbenannt wurde. Dann mit Wirkung vom 23.10.1939 zum "Oberbefehlshaber Ost" ernannt und gleichzeitig Befehlshaber des Grenzabschnitts Mitte, war er nicht gesonnen, sich dabei von irgendwelchen SS- und Polizeidienststellen in seine Aufgaben hineinreden zu lassen und fühlte sich wie SS-Führer Gottlob Berger berichtete "durchaus als Herr der Lage", als "der Mann, der in Wirklichkeit befiehlt". So zögerte er zum Beispiel nicht, SS-Leute, die sich Grausamkeiten und Plünderungen gegen die polnische und jüdische Bevölkerung zuschulden kommen ließen, zum Tode zu verurteilen und Material gegen die SS-Kommandos zu sammeln, dieses in einer Denkschrift zu verarbeiten und über den Oberbefehlshaber des Heeres an Hitler zu senden, eine weitere Denkschrift folgte im Februar 1940, worin es u.a. hieß:
"Die Einstellung der Truppe zur SS und Polizei schwankt zwischen Abscheu und Hass. Jeder Soldat fühlt sich angewidert und abgestoßen durch diese Verbrechen, die in Polen von Angehörigen des Reiches und Vertretern der Staatsgewalt begangen werden.
Blaskowitz bleibt zunächst Befehlshaber der deutschen Truppen zwischen Westgrenze der Niederlande und der Weser, wobei er dann am 06.06.1945 verhaftet und in das Lager Dachau gebracht wird. Ab 1947 arbeitet er im Lager Allendorf bei Marburg für die US-Historical Division, bis er im Herbst 1947 vom Lager Neustadt bei Marburg nach Nürnberg überstellt wird, wo er wegen Verbrechen gegen die Menschlichkeit angeklagt werden sollte - ausgerechnet er, der Pfarrerssohn, der sich schon in Polen für die Menschlichkeit eingesetzt hatte und dafür gemaßregelt worden war. Damit konnte er nicht fertig werden, ebenso wie General der Gebirgstruppen Franz Böhme, der letzte Chef des österreichischen Generalstabes und bei Kriegsende Oberbefehlshaber der Norwegen-Armee ein Jahr zuvor, setzte Johannes Blaskowitz am 5. Februar 1948 - 65jährig - seinem Leben selbst ein Ende, indem er sich im Lichtschacht des Nürnberger Gerichtsgefängnisses zu Tode stürzte. Kurz nach seinem Tode kam das Gerücht auf, das er durch SS-Angehörige ermordet worden sei, was jedoch nicht weiter bearbeitet wurde."