In der Mehrheit sind die Muslime Sunniten. Der sunnitische Islam präsentiert sich in Pakistan jedoch nicht als Einheit. Vielmehr teilt er sich in mehrere Denkschulen auf. Die Richtung mit den meisten Anhängern dürften die Barelwis sein. Sie vertreten einen durch den Sufismus (islamische Mystik) geprägten Islam und sind strenge Anhänger der hanafitischen Rechtsschule. Sie dominieren vor allem in den ländlichen Teilen der Provinzen Sindh und Punjab, haben aber auch viele Anhänger in den Großstädten Lahore, Multan und Rawalpindi. Die Deobandis sind ebenfalls Hanafiten, lehnen jedoch im Gegensatz zu den Barelwis Gräber- und Heiligenverehrung ab. Sie stehen für eine strenge Auslegung des Islam und streben die Rückkehr zu dessen „Wurzeln“ an. Die Deobandis sind in Karatschi und unter den Paschtunen der Nordwestlichen Grenzprovinz und Belutschistans stark vertreten. Die kleinste der drei Denkschulen sind die puritanischen, an Saudi-Arabien angelehnten Ahl-i Hadîth (siehe auch: Wahhabiten), welche die vier sunnitischen Rechtsschulen sowie den Sufismus ablehnen. Ihre Zentren sind Lahore, Sialkot, Gujranwala und Faisalabad.
Unklar ist, wie hoch der Anteil der Zwölfer-Schiiten (Imamiten) an der Bevölkerung Pakistans ist. Schätzungen reichen von 17 bis 25 Prozent, meistens werden 20 Prozent genannt. Sie sind in Karatschi, Lahore, Sialkot und Jhang sowie in den Nordgebieten stark vertreten. Während der schiitischen Trauerzeremonien im Muharram kommt es in Pakistan häufig zu blutigen Auseinandersetzungen. Daneben sind in Pakistan zwei ismailitische Gruppierungen vertreten. Die Bohras leben vor allem in Karatschi, die Nizaris sind daneben vornehmlich in den Nordgebieten (Gilgit und Hunza) sowie Chitral (Nordwestliche Grenzprovinz) vertreten. Eine schiitische Sondergruppe im äußersten Norden sind die Nurbakhshis.
Die Ahmadis, die vor allem in ihrem Zentrum Rabwah sowie um Sialkot herum leben, sind in Pakistan seit 1974 offiziell nicht mehr als Muslime anerkannt; sie sind zunehmender Verfolgung ausgesetzt. In der pakistanischen Volkszählung von 1998 wurde ein Bevölkerungsanteil der Ahmadis von 0,22 Prozent ermittelt.[6] Vermutlich ist die tatsächliche Zahl der Ahmadis aber weitaus höher; das Auswärtige Amt geht von zwei bis vier Millionen Ahmadis in Pakistan aus, also ein bis drei Prozent der Bevölkerung.[7] Es gibt außerdem Bestrebungen, die in Belutschistan verbreitete Gruppierung der Zikris zu Nichtmuslimen zu erklären.